Egidio nacque nella città o contado di Assisi. Dovette essere un lavoratore della terra, come mostrano espressioni e paragoni del suo parlare. Nella primavera del 1208, a diciotto anni circa, il 23 aprile, festa di san Giorgio, si unì a frate Francesco così da essere uno dei primi membri della fraternità minoritica. Nel 1210 andò assieme agli altri penitenti di Assisi a Roma dal papa Innocenzo III per presentare la forma vitae, ovvero quel modo di vivere secondo la modalità del Santo Vangelo che costituirà in futuro la Regola del Frati Minori. Tornato nella valle spoletana, andò con l’obbedienza di Francesco nei luoghi di pellegrinaggio più famosi, come le tombe degli Apostoli a Roma, i santuari di San Giacomo di Compostella in Spagna, di San Michele sul Gargano, di San Nicola a Bari, in Terra Santa. Si guadagnava la vita e l’imbarco sulle navi lavorando. Ad Acri fabbricava sporte di giunco, portava i morti a seppellire.
Dopo la morte di san Francesco, nel 1234 circa si ritirò sopra un colle appena fuori le mura di Perugia, Monteripido, e vi rimase fino alla morte. Vi abitò assieme ad alcuni compagni e membri della famiglia Coppoli, proprietari del luogo. L’entusiasmo giovanile con cui si unì a Francesco era stato vagliato nel fuoco della storia e aveva fatto spazio alla saggezza dell’anziano. Per questo molti salivano a Monteripido per ascoltare la sua sapienza espressa in frasi molto  semplici che opportunamente raccolte e conservate costituiranno I detti del beato Egidio.
Nel 1262, il 23 aprile festa di san Giorgio, lo stesso giorno in cui anni prima si era unito a Francesco alla Porziuncola, morì; il suo corpo fu portato al sicuro dentro le mura cittadine, al convento di San Francesco al Prato dove fu sepolto in un’antica arca romana con la storia di Giona scolpita all’intorno a cui fu aggiunta la scritta Beati Aegidii sepulchrum. Dante Alighieri nella Divina commedia, canto XI del Paradiso, a proposito dei primi compagni di san Francesco e  riferendosi a Cristo e alla Povertà, afferma: «Oh ignota ricchezza! oh ben ferace!/ Scalzasi Egidio, scalzasi Silvestro /dietro lo sposo, sì la sposa piace». Papa Pio VI ne approvò il culto.